Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

profile

смерти в россии по неделям

Я построил график смертей в России по неделям (с 2000 по конец 2020, данные с http://mortality.org), с разбивкой на пол и возраст, и теперь не могу перестать на него смотреть! Советую открыть в полный размер.



Ежегодные пики смертности у мужчин возраста 15-64 в первую неделю года -- это не фальсификации данных, а водка на Новый год. Каждый год выкашивает две-три тысячи человек. У мужчин 65-74 и женщин 15-64 этот эффект тоже виден, но гораздо слабее. По сравнению с началом 2000-х, в последние годы ситуация с этим немного получше.

Очень хорошо видна августовская жара 2010 года.

Разумеется, видны две волны ковида: весны и зимы 2020 года.

В группе женщин 75-84 лучше всего видны сезонные колебания -- зимой смертей больше из-за гриппа и других респираторных инфекций и их последствий. В некоторые зимы этот всплеск больше, в некоторые меньше.

Несколько вещей бросаются в глаза, но объяснить я их не могу:

  1. Что за пик у мужчин 15-64 (и поменьше в других группах) летом 2001?
  2. Почему новогодние пики иногда длиной не одну неделю, а несколько недель? Например, в 2006.
  3. Почему новогодний пик 2013 такой высокий, и виден во всех возрастных группах? Даже у старушек 85+?
  4. Почему у мальчиков до 14 лет смертность заметно выше летом? Особенно в начале 2000-х это хорошо видно.

Если заметите еще что-то интересное, добавляйте.
profile

избыточная смертность в elife

Сегодня в eLife окончательно вышла наша статья: Tracking excess mortality across countries during the COVID-19 pandemic with the World Mortality Dataset (https://elifesciences.org/articles/69336). Опубликованные данные относятся к началу июля, так что уже несколько устарели. Свежие графики, как обычно, доступны тут: https://github.com/dkobak/excess-mortality.

Заодно -- вчера увидел такой препринт: COVID-19 pandemic in Saint Petersburg, Russia: combining surveillance and population-based serological study data in May, 2020 - April, 2021 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.31.21261428v1). Если не ошибаюсь, это первое большое серологическое исследование из России. Результаты: серопревалентность на март 2021 года составляла 45%. IFR, посчитанный исходя из избыточной смертности, получился 0.9%.
profile

2020 по причинам смерти

Оказывается, Росстат уже неделю назад выложил окончательные данные за 2020 по причинам смерти!

Сегодняшняя статья в Медиазоне: https://zona.media/article/2021/06/18/pneumonia
Данные: https://rosstat.gov.ru/folder/11110/document/13269

По-быстрому сделал сравнение с 2019, отсортированное по возрастанию %:



Тут много интересного. Понятно, что почти весь рост наверху таблицы -- это на самом деле ковид (если надо объяснять, то не надо объяснять) (уточнение: избыточных тысяч 10--20 может быть от жары на Урале). Алкогольные смерти выросли на 6% (на 3 тысячи). Самоубийства, убийства, ДТП -- все уменьшилось.

PS. Это сравнение с 2019, без учета трендов. Например, смерти от инфекционных не-респираторных заболеваний (а это в основном ВИЧ и туберкулез) тоже упали, но это, наверное, вообще не связано с пандемией и может ложиться на тренд (не проверял).
profile

YLL

В дискуссии об IFR в предыдущей записи mi_b написал: "[Н]еочевидно, что надо сравнивать смерти[,] а не годы потерянных жизней. Эти годы в разы выше для средней жизни, потерянной от гриппа". Эта запись -- попытка разобраться.

Речь идет о YLL, years of life lost, т.е. сколько лет жизни в среднем теряет каждый умерший от ковид19. Эту величину оценить очень трудно, по очевидной причине: нет подробных медицинских данных о каждом умершем. Тем не менее, люди пытаются. Например, тут:
https://www.pnas.org/content/117/36/22035
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.08.20050559v2.full-text
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.18.20214783v2.full-text
просто берут кол-во умерших от ковида в США по возрастным группам и полу, для каждой подгруппы находят ожидаемую продолжительность оставшей жизни, дальше усредняют, и готово. В этих трех работах получается 12 лет, 11 лет, 13 лет.

Такой подсчет -- это грубая верхняя оценка, т.к. в реальности умирают чаще те, у кого были разные хронические болезни, т.е. они и без ковида в среднем бы прожили меньше, чем в среднем по всему населению. Эта статья делает попытку это учесть:
https://wellcomeopenresearch.org/articles/5-75/v1
-- авторы сначала считают среднюю YLL без учета болезней по итальянским данным (получается 14 лет), а потом учитывают разные long-term conditions среди ковидных смертей, опять же по итальянским данным, и получают 13 лет, т.е. где-то на 10% меньше.

mi_b на это говорит, что это не учитывает самого главного: чуть ли не половина (!) ковидных смертей случаются в домах престарелых (США: см., Германия: см.), а средний срок дожития в доме престарелых составляет всего 1--2 года (!!) (1 год в США: см., 2 года в Германии: см.).

Т.е. если очень грубо ввести на это поправку, то 12 лет в США (среднее из трех оценок, приведенных выше) надо бы сначала уменьшить на 10%, получив где-то 11 лет, а потом посчитать среднее арифметическое с 1 годом дожития в nursing homes, получив в итоге 6 лет. Это уже существенно меньше. Процитированные выше работы этот фактор просто игнорируют.

С другой стороны -- если правда половина смертей в nursing homes, где масса народу и так за несколько месяцев умирает, то это должно было бы привести к видимой отрицательный избыточной смертности после окончания вспышки эпидемии, например, в Нью-Йорке. Но этого вообще не видно: красная линяя (2020) после вспышки просто идеально возращается к серым линиями предыдущих годов.


Наконец, можно сравнить этот показатель с гриппом. Вот статья, найденная mi_b, которая расчитывает YLL для гриппа по голландским данным для обычного сезонного гриппа (сезоны 1999--2008):
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0031197
Long-term conditions тут тоже не учитываются, но делается попытка посчитать реальное (а не "официальное") кол-во смертей от гриппа. Получается YLL=9 лет в среднем за все сезоны, что близко к ковиду. Но для сезона 2009, т.е. пандемии свиного гриппа, получается аж 30 лет! Свиной грипп был необычный: смертность от него была в среднем ниже, чем у обычного сезонного гриппа (IFR порядка 0.01%: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3809029/, т.е. в несколько раз ниже обычного гриппа), но чаще, чем обычно, умирали маленькие дети, отсюда сильно выше средний YLL. То есть IFR ковида где-то раз в 150 выше, чем у свиного гриппа 2009 года, но YLL может быть раз в 5 ниже.

Мой вывод: ничего по существу это не меняет, ковид очевидно все равно на полтора порядка опаснее гриппа, хоть свиного, хоть обычного.
profile

IFR

В комментариях к прошлой записи началось какое-то безумие, поэтому я решил их закрыть. Но польза от них была: в дискуссии с trueview я несколько изменил свое мнение об IFR ковида. Возьмем два больших серологических исследования в топовых журналах с большой случайной выборкой -- одно в НЙ, одно в Испании.

Exhibit 1: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31483-5/fulltext. На 11 мая антитела были у 5.0% процентов населения Испании. Это 2.35 млн человек. Подтвержденных смертей на тот момент было 27 тысяч (см.). Это дало бы IFR=1.15% (в самой статье этого числа нет, но мета-анализы вроде этого https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220321809 для этой работы как раз и получают 1.15%). Но избыточных смертей в Испании в 1.5 больше, чем подтвержденных ковидных (см.). То есть избыточных смертей было примерно 40 тыс., и поскольку ясно, что они почти все ковидные, то получается IFR=1.7%.

Update (Feb 5): Там делали два серологических теста, у обоих специфичность ~100%, поэтому можно брать объединение их результатов. Получается 6.3% сероположительных, это 3.0 млн. Но избыточных смертей весной на самом деле было 48 тыс. (я посчитал). Итого IFR=1.6%.

Exhibit 2: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2912-6. К концу мая в НЙ было 20% населения с антителами. Остюда авторы статьи получают IFR=0.97%, исходя из кол-ва смертей от *подтвержденного* ковида (в частности, они исключают смерти от *предположительного* ковида!). На тот момент избыточная смертность в НЙ была в 1.5 раза выше, чем кол-во подтвержденных смертей (см.), т.е. реально можно предположить IFR=1.5%.

Понятно, что IFR сильно зависит от возраста (см. https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr и ссылки там), поэтому интегральный IFR в каждой стране или городе зависит от местной возрастной пирамиды (скажем, в Латинской Америке интегральный IFR может быть раза в два ниже западноевропейского). Но для возрастной пирамиды похожей на Испанию/Нью-Йорк, я думаю, можно брать IFR=1.5% как разумную интегральную оценку.

Есть странные люди, которые по-прежнему повторяют про небольшое отличие от гриппа. Это смехотворно. По оценкам CDC, кол-во смертей от гриппа в США за сезон обычно находится в диапазоне 20--50 тыс. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/), а кол-во симптоматических инфекций за сезон -- 20--40 млн. С учетом того, что симптоматических инфекций, по оценкам, примерно треть от всех, это в среднем соответствует где-то IFR=0.05% для гриппа (https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Здесь кол-во смертей -- это НЕ просто кол-во смертей с гриппом в death certificate, а довольно сложная оценка, полученная с учетом того, что многие смерти от гриппа могут быть записаны как смерти от пневмонии и т.д. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/how-cdc-estimates.htm). IFR=0.05% -- т.е. получается где-то (очень приблизительно) в 30 раз меньше, чем у ковида (отношение по возрастным группам см. тут: https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Избыточная смертность в США на сегодня где-то тысяч 450 (см.), так что уже на порядок больше обычного кол-ва смертей от гриппа за сезон, а эпидемия ковида там еще в самом разгаре.

Как и обещал, за голословные утверждения о том, что ковид не опаснее или лишь немного опаснее гриппа, я теперь буду сходу банить (не голословные -- т.е. когда они сопровождены подробным обоснованием и объяснением, почему всё написанное выше неверно, -- допускаются).
profile

с наступившим

В ночь на 1ое января от ковид19 умер в больнице отец (лет 60) моего одноклассника и друга с первого класса. По этому поводу я немного изменю политику модерации комментариев в постах с коронавирусной статистикой. Каждый, кто или напишет что-нибудь идиотское об "обычном гриппе" / "слегка опаснее обычной ОРВИ" (не идиотское можно), или что угодно с фразеологией вроде "психопандемия" / "лево-либеральная хунта" / и т.п., сразу отправится в бан со ссылкой на эту запись. Спасибо за внимание.

Все мои коронавирусные графики по России и миру теперь можно найти тут: https://github.com/dkobak/excess-mortality/, они там обновляются более регулярно, чем здесь в жж. Ссылки, если нужно, лучше ставить туда. Jupyter notebook, который показывает избыточную смертность по всем странам, можно запустить прямо в браузере.

С наступившим.

Update: Комментарии закрыл.
profile

данные Росстата за май

A вот как выглядит график по всей стране по данным Росстата до мая, опубликованным сегодня:



В масштабах страны данные шумноватые, но получается что-то вроде 13,200 дополнительных смертей в мае. Первая дюжина регионов (числа округлены до сотен), можно увеличить по клику:



А если сортировать регионы по относительному приросту, то так:



(Если просуммировать регионы на этих картинках, то получится примерно 15,000 дополнительных смертей в мае.)

Официальные числа Росстата умерших от ковид19 в мае, о которых пишет Медуза, очевидно, являют собой недооценку. Например, по Московской области там 1700 умерших пациентов с основной причиной смерти и 400 с побочной, т.е. 2100 в сумме, но на графике ясно видны 3200 дополнительных смертей.
profile

смертность в Москве от ковид19 за апрель

По официальным данным, за апрель в Москве умерло ровно 600 человек (см. https://ru.wikipedia.org/wiki/Распространение_COVID-19_в_Москве). Росстат публикует цифры общей смертности по каждому региону за каждый месяц (см. https://gks.ru/free_doc/2020/demo/edn03-20.htm), но с задержкой примерно в пять недель. Цифры за март появились несколько дней назад. Цифр за апрель нужно ждать еще месяц. Но Венедиктов вчера объявил у себя в твиттере общую смертность в Москве за март+апрель (https://twitter.com/aavst/status/1257197984997130241); откуда он ее взял, не известно, но предположим, что она верная (цифры за 2019 и 2018 в том же твите очень близки к официальным, но не идентичны им). Тогда данные выглядят так:



Обращаю внимание, что вертикальная ось начинается не с нуля (чтобы лучше было видно динамику). Красным отмечено кол-во смертей в апреле, согласно данным Венедиктова. Их на 1800 больше, чем в марте. Предполагая, что все эти смерти из-за ковид19, мы получаем превышение над официальными цифрами В ТРИ РАЗА.

Для сравнения: в Лондоне и Нью-Йорке превышение примерно в 1,5--2 раза (графики есть тут https://www.ft.com/coronavirus-latest и https://twitter.com/jburnmurdoch/status/1258031311366901761).

Можно предположить, что это всплеск из-за обычного сезонного гриппа, но я так не думаю, потому что (а) прошлые годы показывают, то гриппозный пик никогда не начинается в апреле, и (б) на общей смертности от респираторных заболеваний пик был в январе 2020 и уже давно прошел:



Update (5 мая). Есть подозрения, что озвученные Венедиктовым цифры не имеют отношения к реальности: https://www.facebook.com/rickky.spirewanderer/posts/2982318935169397. Апдейт к апдейту (11 мая): подозрения не подтвердились. Цифры, озвученные Венедиктовым, оказались близки к реальности, см. следующий апдейт.

Update (11 мая). Московские данные за апрель появились тут https://data.mos.ru/opendata/7704111479-dinamika-registratsii-aktov-grajdanskogo-sostoyaniya. Расхождения с данными на gks.ru минимальные. Бонус: есть данные с 2010 года. Вот результат:



* твит по-русски https://twitter.com/hippopedoid/status/1259933985221869572
* твит по-английски https://twitter.com/hippopedoid/status/1259933735027433472